魏晋玄学是《老子》、《庄子》和《周易》为基础发展出来的学说，是中国哲学体系重要的节点。佛教传入中国，必不可免地与中国固有的统治阶级的意识形态相抵触，其中主要是儒家思想及其变种。从秦始皇“以吏为师”确立法家的地位，到汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”，两汉经学的兴衰，到魏晋玄学的流行，其间经隋唐佛学，到宋明理学，明显地呈现出一种运动变化的系列。隋唐之际佛教独步青云，也不是偶然的。
1、玄学与佛学的合流
玄学的主要思想，就是讲“体”和“用”的关系。以“无”为体，以现象世界为用是占主导的流派。佛学传入中国以后，首先的问题是如何解释“佛”等问题。佛学是以“空”为核心歪曲现象世界，因此二者在唯心主义本体论上有契合的可能。
东晋时期，影响最大的道安和尚首创了“本无”一派，以绝对的“无”解释佛教的经义。他说：“执道御有，卑高有差，此有为之域身。非据真如，游法性，冥然无名者，智度之奥室也。”真如法性的根本，就是这种存在但却讲不出来的“无”，它与作为现象的存，“卑高”亦即体用不同。道安的高徒慧远也主张“至极以不变为性，得道以体极为宗”，认为本体是永恒的法性，同道安的学说并没有根本的不同。
玄学与佛学的合流，开始于魏，极盛于东晋。这一时期的佛学家，不仅通读佛教的经典，同时也是玄学家。如慧远本人就“博综大艺，尤善庄、老”，支道林与殷浩，刘恢道玄学家“并为一代名流，皆著尘外之狎”。
这一时期，玄学与佛学虽然合流，但仍保持了自己的特点。佛教僧侣始终是号召出世的，并意识到佛经与老庄有潜在的不同。慧远幼年受的是儒家正统教育，却在学习了《般若经》以后，公开抛弃了儒家，“儒道九流，皆糠糟耳”，玄学“对天独绝之教，不变之宗，固不得同年而语其优劣，亦已明矣。”道安不准徒弟比附玄学，但没有更进一步的发挥。
2、佛学的独立发展
把玄学与佛学从理论上区别开来的，是僧肇。鸠摩罗什从西域到达以后，僧肇从他那儿进一步学习了佛教经义。他首次以明晰的语言，运用带有辩证法意义的相对主义，论证了出离生死两端，即体即用的“性空”哲学。
僧肇以因缘谛合，构成事物的佛教唯心主义认识论。他认为：“说法不有亦不无，以因缘故，诸法生”，从这里出发，僧肇诡辩道：“夫有若真有，有自常有，岂待缘而后哉？譬若常无，岂待缘而后也？”世界上的事物如果是“有”或“无”，都不是因缘谛合的产物，因此，法性“不有亦不无”，出离了生死两端，证明法性的“空”，就是“不真”。
僧肇运用这种学说批判了当时的六家七宗，认为他们都或偏执于“有”，或偏执于“无”，把世界理解成为真空的，或绝对的假。“心无者，无心于万物，万物未尝无。此得在于神静，失在于物虚。即色者，明色不自色，故虽色而非色也。……此直语色不自色，未领色之非色也。本无者，情尚于无多，触言以宾无。”僧肇讨论了这几派的利弊得失以后综合批判道：“此直好无之谈，岂顺通事实，即物之情哉？”（《不真空论》）把道家各家划入了玄学家异端，认为他们偏离了佛学。
僧肇的理论引起了震动，当时偏安江南的慧远抚几叹曰：“未尝有也。”玄学家刘遗民也说：“不意方袍，复有平叔”，把僧肇比作玄学开创者之一何晏，并与僧肇书信往还，探讨经义。僧肇的学说，在当时取得了独占地位，罗什也自愧不如。
汤用彤先生评论道：“肇谷之学，融合《般若》、《维摩》经，《中》《论》诸论，而用中国论学文体扼要叙出。凡印度名相之分析，事数之排列，均皆解除毕尽。此虽为文字之更革，但肇能采掇精华，屏弃糟粕，其能力难免匹敌，而于印度学说之毕化，此类作品均有建树。”笔者以为，僧肇的学说是综合印度佛学、中国玄学的产物，“屏弃”了二者的“糟粕”，用严格的逻辑形式证明佛学经义，是一种独创，是佛学本体论的中国化。
从魏开始，佛学理论水平的发展越来越快。根据何尚之答宋文帝问，江南世家大族基本上都崇信佛教，僧侣的地位逐渐提高。支道林在杭州，王蒙比之于王弼，谢安说大玄学家殷浩的清淡比支氏，“实有惭道”。符坚攻打襄阳，自诩得到了一个半贤人，道安为一人，玄学家习凿齿只有半个。慧远在庐山，集结了一批玄学家，谢灵运清高独迈，犹称其为五百年不遇的圣人。东晋中叶以后的情况，是玄学家以高僧为师，而不是高僧以玄学家为师。
3、隋唐佛学的发展
魏晋时代，佛教争论的核心是佛的本体，然而宗教之所以成为宗教，关键在于给予普通群众以什么样的精神寄托。如果“极乐世界”的大门总是关闭的，也就没有人迷信佛教了。成佛的道路，佛经早已讲好，但并不适应中国的情况。隋唐时期，佛教各宗派解决的主要问题是如何成佛。
天台宗是隋时期流行的佛教宗派，综合了南方文学和北方禅宗的成果，明确地强调了“心”体的作用，提出了“一心三观”、“一念三千”的学说，认为一心包括了中观、客观和假观三种认识；心体在一瞬间的运动变化，包括了过去、现在和未来三千世界无穷的运动。僧侣的“止观”，就是为了认识这种“佛心”，达到成佛的境界。
华严宗讲法界缘起，划为事法界、理法界、理事无碍法界、事事无碍法界。
禅宗，直接去掉了止观和四法界，将一切主观和客观世界统一到无区别的一心。慧能认为“但离一切相，性体清静”，人们存在的一切条件都不考虑，人的本性是无差别的佛性，“世人性本清净，万性自性，便修于善行。”故而“一灯能除千年阇，一智能灭万年遇”。
